但随着从计划经济向市场经济转型，外部环境和内部因素均发生了很大变化，原本在计划经济时期没有发生变异的以药补医政策，在市场经济条件下则逐步演化成了一种逐利机制。
这种逐利机制日益削弱了公立医院的公益性，日益危害着人民群众的利益。大处方、滥用抗生素、过度治疗、不合理检查等不规范诊疗行为，以及忽视成本等问题，推高了医疗费用，绷紧了医患关系，长此以往将有损整个中华民族的健康素质，危及整个社会的和谐稳定。迫切需要通过改革，逐步解决公立医院存在的突出问题。
医改各项任务是紧密相连，环环相扣的，没有公立医院改革的成功，前四项改革的成果也很难得到巩固和发展。
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