实际上，新农合与职工医保虽同属医疗保障制度，但是两者分属两个不同的制度设计。前者由卫生部主导，后者则由人社部主导。
另外，农民工纳入职工医保，各地政策不一。
“各地在设计农民工医保制度时，都不同程度的回避了与新农合的衔接问题。”西南财经大学教授胡务说，“但这个问题始终是绕不开的。”
据胡务介绍，有些地方不允许长期在外务工的农民工参保新农合，但是全国的制度性安排还没有。
另一个值得注意的现象则是，因为信息不对称，一些地方农民工重复参保也可以重复报销。
由于目前地方政策不一，各地如何衔接也存在疑问。
实际上一些地方从2003年开始，已进行农民工纳入职工医保的试点。但是迄今为止，并没有全国性的统一方案。
另外，就农民工群体来说，其就业流动性较大。
在各地政策不一的情况下，医保关系异地转移接续比较困难。比如，李鹏博加入职工医保后，如果他离开北京去深圳，深圳的农民工医保还是独立的，并没有与职工医保合并，去浙江，同样的问题依然存在。
按照医保政策，参保人只有在达到一定的缴费年限时，才能在退休后享受退休医保待遇。
胡务介绍，如果各地政策不一，缴费年限计算也就很难实现。
“得有一个全国性的统一政策，这样才能解决异地转移接续的问题。”胡务认为。而将此前五花八门的农民工医保模式统一并入职工医保，无疑是最可行也最必须的方案。“这既是社保法的要求，从制度上也最可行。”胡务介绍。
清华大学社保研究中心主任杨燕绥也认为，最终统一并入职工医保是终极目标。
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