我国医保实行属地管理，同时按人群、城乡分开管理，职工医保实行社会统筹和个人账户相结合的筹资方法，居民医保和新农合实行地方财政补助与个人缴费的筹资方法。由于医保水平与当地社会发展水平相适应，发达地区财政补助较多，中西部地区财政补助较少。因此，身份不同，地域不同，医疗保障水平也不同。
例如，2011年全国新农合人均筹资标准为246元，各地根据情况有所不同。如内蒙古伊金霍洛旗城乡基本医保人均筹资标准达到700多元，报销比例高、封顶线高、起付线低，这是很多地方达不到的。
华中科技大学同济医学院教授姚岚说：“如果异地就医费用全部由流入地报销，即使是发达地区也难以承受超支的风险。所以每个地区、每种保险都要通过周密测算，避免超支风险，保证基金运行良好。”
然而，这种“碎片化”的基本医保政策，使医保难以流动起来，各地城乡居民待遇不统一，并形成区域限制。
“多元分割的制度安排，不仅不利于在更大范围内分散疾病医疗风险，而且直接影响到医疗保障制度自身的公平性，极易衍生交叉、重复、缺漏参保的现象，导致资源浪费或低效。”中国人民大学中国社会保障研究中心主任郑功成说。
“目前，中国的经济发展依靠大量的流动劳动力，如果按地域来管理医疗保险制度，不仅不利于劳动力的流动，而且对经济发展也会产生负面影响。”世界银行专家张硕说。
3.我国现存三种不同的基本医保制度，使得医保信息的共享变得非常困难，无法形成全国统一的医保网
很多人问：如今网络这么发达，可否通过联网结算来方便报销？专家指出，从表面看，是网络不连接问题；但从深层看，是制度不衔接问题。我国现存三种不同的基本医保制度，城乡经办机构不一致，报销目录不一样，报销办法不一样，报销水平不一样，使得医保信息的共享变得非常困难，无法形成全国统一的医保网。
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