1.服务项目管理。通过制定相关标准和办法，确定基本医疗保险可以支付的医疗服务项目范围。主要包括基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准，简称"3个目录"。参保人员在"3个目录"规定范围内发生的医疗费用，由基本医疗保险基金按规定支付。
2.就医管理。城镇基本医疗保险实行定点医疗机构和定点药店管理。医疗保险经办机构同定点机构签订协议，明确各自的责任、权利和义务。参保人员在定点医疗机构就医发生的费用，按基本医疗保险规定支付。参保人员可以选择若干包括社区、基层医疗机构在内的定点医疗机构就医、购药，也可以持处方在若干定点药店购药。目前，全国定点医疗机构8.36万家，其中基层医疗机构占76%，定点零售药店9.63万家。多数统筹地区实现了住院医疗费用由医保经办机构与定点医疗机构直接结算，个人只负担自付医疗费用，但异地就医垫付问题还比较普遍。
3.结算管理。医疗费用结算方式是指医疗保险费用拨付的方式和流向，不同的支付方式与标准产生不同的激励机制。目前各地实行按服务项目付费、按服务单元付费、按人头付费、总额预付制、按病种付费等多种结算方式。从医疗保险结算的发展趋势看，由单一的结算方式向复合式结算方式转变，如门诊和住院通常采取不同的结算方式；由以按服务项目付费为代表的后付制向预付制转变，越来越多的国家和地区选择按病种付费、按人头付费等，有助于调动医疗机构和医生主动控制医疗费用的积极性。
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