邓小红说，过去医院都有"好科室"和"坏科室"的差别，好科室是指外科、骨科这些可以做手术，用耗材，开检查的科室，而坏科室是指儿科、皮肤科、精神科等开药和做检查不多的科室。而试点按病种收费后，好科室和坏科室的的差距在减小，也提供了医护人员的积极性。
与北京的按病种付费方式不同，上海尝试的是医保费用总额控制的模式。
上海市人力资源和社会保障局局长周海洋说，2001年，上海市取消公费医疗和劳保医疗，全面推行职工医保制度，当年医疗费用增长超过30%。为了控制医疗费用的过快增长，上海市对医保费用推出总量控制。在随后的几年又不断完善医保费用总额控制的制度，其中包括"总额预算按月预付、按季结算、风险共担"的制度，也有医院提出医保预算，和医保机构谈判总额的做法。
直至2011年，上海全市的三级医院都实现了总额预算和预付制度。同时在总额预付的大框架下，也有按病种付费、按服务单位付费作为细化的管理手段。
周海洋说，上海医保支出采用总额预付模式的效果是，控制了医疗费用的过快增长。近年来，上海市医保预算的增长是11.5%，远低于2001年那次30%爆发式的增长。
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