这种打破以药养医的模式看上去具有很大的可行性，但在实际运作过程中也面临不少问题。首先是取消药品加成之后，药品价格随之下降，但是医疗服务的价格出现上升，而增加的诊疗费从现有的医保基金支出，这只是一种平移机制，通俗而言就是羊毛出在羊身上，患者实际上并没有享受到太多的实惠。而对医院而言，医疗服务价格的提高往往并不能完全覆盖药品下降带来的损失，由于财政补贴不到位，很多试点医院都陷入了亏损之中，使得进一步推动公立医院改革面临很大阻力。深圳医改一个多月以来，药价出现了明显下降，但是由于政府财政投入并没有及时跟进——据当地媒体报道，政府财政依然是零投入——深圳公立医院的收入出现了明显下降。如果政府财政投入不能及时到位，深圳的公立医院改革将遭遇很大阻力，作为全国瞩目的医改先行军，深圳公立医院的改革无疑具有很强的示范效应，如果深圳市的公立医院改革失败，对于全国的医改也将是一个不小的打击。如果财政投入不能及时跟进，深圳的公立医院改革可能陷入两面不讨好的尴尬境地，患者没有享受到太多的降价实惠，医生的积极性也因为收入下降而受到影响。
从技术手段而言，公立医院改革还有很多突破路径，比如改革公立医院的管理体制和运行监管机制，实行政事分开和管办分开，按照医疗服务监管职能与医疗机构举办职能分开的原则，推进政府卫生及其他部门、国有企事业单位所属医院的属地化管理，逐步实现公立医院统一管理；比如推进多元化办医格局，鼓励社会资本进入医疗服务领域，鼓励社会力量举办非营利性医院等。但无论何种手段，如果要回归到医疗卫生作为社会公共品这一本质上来，加大国家财政投入力度永远是最核心的问题所在：国家财政投入越多，公立医院的逐利性也就越弱；反之，国家财政投入越弱，公立医院的市场性就会越强。
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