参加医疗保障管理体制有关课题研讨会的专家指出，新农合以相对较低的筹资水平实现了较高参合率、较高报销比和更广受益面，显现出卫生部门统筹管理医疗保障和医疗服务的优良绩效。
一位专家告诉记者，北京市医保付费改革走在全国行业前列，最大的因素在于当时北京社保局主管医疗保险的领导有在北京市卫生局的从业经验，因此组建了一个社保人员、卫生人员、医院院长共同参与的医保改革领导小组，才促成了北京医保付费制度的调整。“单靠社保一家出点子，医保付费难以推动下去。”这位专家指出。
对于卫生系统的说法，中央财经大学社会保障系主任褚福灵介绍，“全国不少地区已经整合了城乡居民医疗保险，执行上看，绝大部分是人社部门负责管理和经办，这一点也逐渐形成了共识。”据悉，这些整合地区进行的城乡医疗一体化，原由卫生部门管理的新农合行政管理与业务经办职能移交同级劳动保障部门的同时，承担新农合管理与经办工作的机构和人员、资产以及相关资料，随职能同步移交，新农合基金由审计部门组织审计后移交。为了保证移交工作机构和队伍的整体性和工作的连续性，各地维持现有政策体系不变。
中国社会科学院教授朱恒鹏指出，卫生部管理新农合，从业务、技术方面来讲很有优势，但是卫生部既为被保险人提供服务，又为他们支付费用，存在弊端。而由人社部做，成为真正的第三方付费。如果医保交由卫生管理“一手托两家”，则其既当“会计”又当“出纳”的局面，也不利于监督。
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