人社部社会保障研究所近期完成的《实施情况研究报告》显示，全国办理职工医保关系转入的是办理关系转出人数的72.4%，然而在农民工群体中，办理医保关系转入的是办理转出人数的50%，说明农民工在办理医保关系上遇到的问题多于总体情况。
在医保关系转移接续中，跨省转移接续更为困难。2011年，全国跨省转入医保关系的只有14431人，转出22122人，其中农民工分别为1773人和3418人。全国医保关系跨省转入只有转出人数的46.7%。
记者采访了解到，全国实现跨省医保转移成功人数不到养老保险的3%。因为医保不转统筹基金，转入地拒绝接受，广西无一例医保跨省区转移。
记者还了解到，医保关系不仅跨省难转移，就连省内转移也存在很大的障碍。由于医保大多在市级统筹，有的还在县级统筹，只转个人账户，不转统筹基金，为制度的转移接续带来不便。
部分地区试图突破这一限制，2011年，浙江省出台了宽松的接受外来参保人的转移接续政策，只要外来的参保人能够提供在其他地区参加职工医保的证明，并转入个人账户，就可把原参保地的缴费年限转移到新的参保地。实现省内各统筹地区之间，医保关系可以无障碍转移接续。但是，绝大部分省市还做不到这一点。
为解决此难题，江苏苏州提出医保要与养老保险一起转移，目前全国只有苏州在大市范围内做到了。
为什么其他市做不到呢？因为同步转移在很多时候也需要单独办理，比如浙江杭州，由于当地职工养老保险、医疗保险、失业保险分别由3个机构管理，因此，根本做不到职工同时办理3个险种的转移接续。
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