人社部社会保障研究所所长金维刚认为，由于实际改革的复杂性，三医名联实不联等环境下，目前
医保付费方式改革面临的主要突出问题如下：
首先，医疗服务体系改革滞后阻碍付费方式改革推进。一方面，公立医院缺乏成本意识，既没有动力也没有权力，应对医保付费方式改革；另一方面，社会办医仍然受到制约，民营医疗机构处于弱势，医疗资源难以优化配置。
其次，付费方式与药品和医疗服务价格形成机制脱节。不合理的价格机制扭曲了价格，尤其医疗服务价格较低与药品价格虚高并存，扭曲了医疗服务于药品之间的关系，导致“以药养医”、等现象难以遏制等。
此外，公立医院改革滞后产生了一系列弊端。公立医院在医疗服务市场处于提供方垄断地位，医疗服务供不应求；医疗费用高涨；公立医院对医保支付缺乏敏感性。另外，公立医院在药品市场处于购买方垄断地位。药品、耗材等回扣问题严重等。同时自身缺乏自主决策、自主发展的权利，无法优化资源配置。
可借鉴的地方经验
上海：通过三轮谈判确定总额分配
第一轮：由全体医院代表协商，确定三级医院和一二级医院预算总额划分比例。第二轮：三级医院代表协商预算分配到具体医院，一二级医院代表协商确定各区县的预算总额。第三轮：由区内一二级医院协商分配。
在年度中期根据医疗机构对预算执法情况的反馈，对部分医疗机构的预算总额适当进行调整，在预算总额确定后，由医疗机构自负盈亏，促使医疗机构主动控制医疗成本。
杭州：基于次均费用控制的总额控制
根据历史数据和合理增长率，确定每个医疗机构的总额。年终对总额执行情况进行评估，主要由两个指标：次均费用考核、“人次/人头”比例考核。
如果次均费用增长过快，导致总额超支，医保机构对超支部分不予支付；如果“人次/人头”比例过高，导致总额超支，则医疗机构可能分解住院，医保机构对超支部分不予支付；如果次均费用增长率和“人次/人头”比例均正常，则说明医疗机构的服务量增加，则医保承担超支部分。
