为确保农村医疗保险制度的实施，对医疗保险资金筹集和支付过程实现有效的控制和监督，上述各国家都设立了专门的机构。这就要求我国在农村医疗保险制度的建立过程中，需要从上至下逐级设立相应的管理机构、办公室和人员，负责有关农村医疗保险的组织、协调、管理和指导工作，加强对医疗基金的管理。实行独立建账、专户储存，专款专用，确保资金的按时足额到位，实现资金运作的公开、公平、公正。资金的管理使用部门应定期向医疗管理委员会和同级人民代表大会报告工作，主动接受财政、审计部门对基金收支和管理情况的督查、审证。自觉接受社会各界和广大群众的监督，增加透明度，使农民放心，增强合作医疗的吸引力，提高农民合作医疗的参保率。

　　(四)加大乡村卫生机构的建设力度

　　随着我国集体经济的解体，不少地方的农村基层卫生机构和合作医疗保健制度也随之解体，农村卫生技术人才大量流失，一些农村缺医少药状况相当严重，再加上国家与集体对农村卫生事业的投入在本来不足的情况下又明显减少，农村医疗卫生服务的供需矛盾已日趋尖锐。而乡村两级卫生服务机构既是构成合作医疗的重要组成部分，又是实施合作医疗的主要载体，是整个农村医疗保险体系中不可或缺的部分。从国外来看，各国政府都不同程度地承担了这部分公共卫生服务建设的责任，出资兴建乡村卫生服务机构，配备卫生人员和装备等。所以，我国政府有必要加快农村卫生发展规划的制订和实施，加大对乡(镇)卫生院和村卫生室的投入，调整乡(镇)卫生院的规模、功能和布局，整合卫生资源，充分满足广大农民对医疗卫生服务的需求。

　　(五)建立完善对贫困农民的医疗援助制度

　　国外对于贫困农民多是由政府提供免费的医疗卫生服务，这项制度对于维持社会公平、促进社会稳定具有重要的作用。从我国目前来看，农村贫困人口还占相当比例，而我国政府的经济能力又是有限的，根本无力包揽全国农民的医疗事务，在这种情况下，由政府专门针对有病却无经济能力进行治疗的贫困人群进行医疗援助制度，对农村贫困人口实施专项帮助和支持，不失为一项替代性的措施。这样可以把医疗救助与整个社会保障体系有机地结合起来，使贫困者得到真正、有效的救助。