《指导意见》对2012年新农合基金筹资标准提高到每人290元后（其中中央、省、市、县财政承担240元，个人承担50元），基金的规范管理做出了具体规定。对省、市、县、乡四级医疗机构住院补偿起付线、补偿比例、封顶线进行了调整，做出了统一要求。省、市、县、乡四级医疗机构住院补偿比例分别为60%、65%、75%和85%。
实行住院大病保底补偿政策，确保参合农民的切身利益。对五保户、低保户、残疾人、优抚对象等弱势群体的个人参合资金，经核实后由民政部门解决。将参合农民在生产生活中发生的、无第三方责任人的意外伤害，纳入新农合补偿范围。
《指导意见》要求进一步规范门诊特殊病种统筹补偿，开展普通门诊统筹补偿，扩大参合农民受益面。将尿毒症透析治疗、再生障碍性贫血等28种门诊特殊病种纳入新农合门诊补偿范围。2012年门诊特殊病种补偿不设起付线，可补偿费用的报销比例为70%。按病种等级分设（Ⅰ类、Ⅱ类、Ⅲ类、Ⅳ类）四档补偿封顶线。Ⅰ类每人年度累计补偿封顶线为20000元；Ⅱ类每人年度累计补偿封顶线为10000元；Ⅲ类每人年度累计补偿封顶线为3000元；Ⅳ类每人年度累计补偿封顶线为1000元。
2012年甘肃全省所有的县（市、区）全部实行门诊统筹。
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