按照管理方式分，各地差异化更大。上海市城镇居民医疗保险中，基本医疗与2%的补充医疗保险由医保局管理，企业可自主选择、决定向商业保险机构购买另外2%列税外开支的补充医疗保险。
厦门则将医保费用单独划出一部分资金，作为补充医疗保险基金交给商业保险公司运作。
一些地区则由企业自主决定缴纳补充医疗保险，或由政府代管，或由政府转交商业保险机构，或由企业直接交给保险公司。
而原本没有基本医疗保险的农村，试点伊始，就直接实行了基金（不区分基本医疗保险和补充医疗保险）的商业化运作。
上海模式基本与补充“统办”
“上海的补充医疗保险，可以有两种理解：一是强制缴纳，并全部由政府自行管理;另一种则是政府管理与商业机构管理对半分。”两种理解都符合实情。按前一种理解，上海市的医疗保险基金由基本医疗保险基金和地方附加医疗保险基金构成。在职职工个人应当按其缴费基数（上一年度月平均工资）2%的比例缴纳基本医疗保险费（退休人员个人不缴纳），用人单位应当按10%比例缴纳基本医疗保险费，并按2%的比例缴纳地方附加医疗保险费。
而按照第二种理解，根据国家规定，“企业补充医疗保险费在工资总额4%以内的部分，企业可直接从成本中列支，不再经同级财政部门审批。”
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