如前所述，进入新世纪以来，我国医疗保障制度取得了历史性进展，对绝大多数城乡居民来讲，已经实现了在医疗保障方面“从无到有”的跨越。下一步，改革和发展的方向应主要转向提高保障水平和改善保障绩效。
（一）进一步提高保障标准，缩小保障差距，切实分担公众负担。总体看来，因新农合和城镇居民医保起步不久，总体的筹资水平还都较低，尚未充分发挥其防范城乡居民相关经济风险的作用。因此，下一步，应随整个国家经济发展水平的提高尤其是财政能力的提高，尽可能提高公共筹资水平，降低居民个人和家庭负担。应结合我国的经济发展水平、公众需求变化等因素，建立公共医疗保障投入与财政投入之间的联动和调整机制。鉴于医疗卫生事业发展在经济和社会发展中的重要性，医疗保障投入应适度超前。除各级政府尽可能逐步提高保障投入外，通过完善财政体制特别是不同层级政府间财力和事权关系，缩小区域间保障水平差异应当是下一步重点解决的问题。
除强化政府财政性医疗保障投入外，还应积极创造条件，鼓励商业性医疗保险制度发展，满足多层次需求。
（二）逐步提高统筹层次，当前要着力推进制度统一。三项基本医疗保障统筹层次过低是未来一个时期需要特别关注的问题。按照医疗卫生事业公平性发展要求，适应城市化和人口流动需要，各项医疗保障制度应逐步走向省级统筹并最终走向全国一体化，这是应当明确的方向。从现实的情况看，受财政体制等多方面因素影响，短期内提高统筹层次存在一定障碍，当务之急是尽快推进三项保障制度在不同地区间制度的统一，包括筹资方式、保障重点、报销比例和方式以及资金管理模式乃至行政管理体制，为未来提高统筹层次、实施统一管理铺平道路。
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