按照人力资源和社会保障部的部署，下一步付费方式改革的思路是总额预付和按病种付费。
如总额预付制，是对费用控制最可靠和最有效的方式。其对医疗服务机构的工作量和费用有高度的控制权，使得医疗服务提供方不得任意增加服务项目和服务量。医疗服务提供方将主动控制医疗服务的成本。医保部门工作主要在于预算的制定和执行的审核，管理成本低。
按病种付费也是“十二五”医疗保险付费机制改革的关键。按病种付费是目前比较公认的较先进的支付方式。相比之下，费用制约力度较强，在一定程度上有助于促进管理和成本核算，促进医疗质量的提高。但是病种付费标准的制定需要大量的信息资料和较高的技术，操作难度大，审核程序复杂，管理成本高。
从发展趋势来看，未来医疗保险的支付机制将走向多元化。“医保付费由后付制向预付制转变，实行总额控制下的预付制成为多数国家普遍认可的支付方式，由按项目付费转变为实行总额预算、按病种付费或医疗费用包干。”贾方红分析说。
从支付手段上看，也将由单一支付方式向混合型方向发展。在第三方付费的情况下，要改变医疗保险作为局外人的被动局面，就必须由单一后付制转变为以预付制为主的多种支付方式，趋利避害。
未来，医疗保险方也将由支付者向购买者转变。贾方红指出：“传统的后付制把医疗保险方的功能定位于代替参保人履行付费职责的第三方支付者，只能事后偿付，对支付总额无法控制。混合支付方式把医疗保险方的角色定位于医疗保险的购买者，取得主动权，能够约束供方行为。”（来源：医药经济报）
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