【没有财政专户管理】部分区(县)的“新农合”基金未实行财政专户管理。截至2010年10月，已实现区级统筹的7个区(县)中，闵行区、崇明县未设置财政专户。全市有浦东新区曹路镇等34个镇(乡)级经办机构存在“新农合”基金与工作经费同账户核算的情况，占全市镇(乡)总量29%。
【存在重复参保现象】本市目前由市卫生局单独开发“新农合”信息系统，与其他相关部门不共享，缺乏有效核对手段。审计发现，2009年度有57557名城保人员参加了“新农合”，占当年参合人数的3.64%。以2009年度各级财政补贴参合人员人均354.51元计算，因城保人员重复参保，财政补贴资金多拨付达2040.45万元。
【报表与实际有差异】“新农合”报表数据采集不规范，造成报表数据与实际情况存在差异。如2009年报表反映基金总收入共计9.39亿元、基金总支出共计9.41亿元，审计核实后，基金总收入应为9.6亿元、基金总支出应为10.14亿元，差异率分别为2.2%和7.8%。
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