自上海申康医院发展中心（上海市级公立医疗机构国有资产投资、管理、运营的责任主体和政府办医的责任主体）和上海市卫生局的消息都显示，上海将于2012年全面实行医保总额预付制。
此前，在2010年，上海市的社区卫生服务中心、全部公立二级医院和10家三级医院已经实行了总额预付。
上海的总额预付和“双控”并非没有弊端，其中既有总额预付制度本身固有的推诿病人等弊端，也有医保药品目录的制定缺乏科学评估，未能根据实际需求和医保基金的承受能力相适应。
在上海已经实行了医保总费用和药品费用“双控”措施，即将实行总额预付的的一家三甲专科医院，每个月的最初几天都会人满为患，来配药的病人挤满了医院。形成如此“壮观”景象的原因在于，一些价格高昂的药品进入了医保目录，甚至基本药物目录，这些贵重药品的使用危及了医院的总量控制，以至于医院不得不限制或停止使用此类药品。
“现在有很多声音质疑，医保目录过大，尤其是在国家层面。”上海市卫生局的一位副处长说，“目录那么大，总额又这么小”，“很贵重的药成了医保药物”，医院没有办法，“我不进这个药，我不进总可以吧。”
“有些紧俏药品，月头2、3号就配不到了”，上述专科医院医保办的一位工作人员说，“有些药我们（的医保支付总量）吃不下，纳进来，盘子就会崩掉。国家为什么把这个药纳进去？也没有做经济学评估。人社部也没来过我们医院调研。到底怎么进去的？让人浮想联翩。”这位工作人员将由于贵重药品进入医保目录而造成的配药难列为他工作中的第一大难题，排在医院推诿病人之上。
中国人民大学医改研究中心主任王虎峰认为，应“科学地对药品和技术的准入进行评估。”因为制定医保目录的过程中，缺乏科学的评估，“成本效益很差的药品和检查方法无形中极大地浪费了医疗资源”，“ 医生想要用，无论多贵都可以用。这是任何国家都不能支撑的。每样东西必须算笔账，考虑性价比。未来如果继续敞口下去，必然资金是不够花的。”
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