适用《企业财务通则》的企业，尽管财税〔2009〕27号文件明确的两险扣除标准不得超过员工工资总额的5%，但是在会计上，根据财政部《关于企业新旧财务制度衔接有关问题的通知》（财企〔2008〕34号）规定，可在成本（费用）中列支的补充养老保险只能是工资总额4%以内的部分，超过部分应由个人负担。因此，目前适用《企业财务通则》的企业，可在税前扣除的补充养老保险只能占工资总额的4%以内。
两险有关个人所得税的处理
目前，国家并未对补充养老保险费和补充医疗保险费的个人所得税处理作出明文规定。而与此有关的文件，如财政部、国家税务总局《关于基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税〔2006〕10号），只是规定了企、事业单位按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法，实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费免征个人所得税，超过规定的比例和标准缴付的，应将超过部分并入个人当期工资、薪金收入，计征个人所得税。由于我国个人工资、薪金所得免征项目是采取列举方式说明的，而根据国家税务总局《关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》（国税函〔2005〕318号）规定，企业为员工支付各项免税之外的保险金，应在企业实际缴付时并入员工当期的工资收入，按“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。因此，对于企业为员工缴纳的补充养老保险费和补充医疗保险费，也应并入员工当期的工资、薪金所得计征个人所得税。
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