上述一系列控费措施改变了医师诊疗过程，也进一步对医院终端医药市场带来了重大影响。某试点医院医师对记者表示，出于成本控制考虑，医院要求对高价药品的使用进行控制，外资原研药是重点控制对象之一，相对价格较低廉的仿制药替代现象则越来越普遍。

　　据瑞银证券报告统计，上海此前总额预付期间即出现了明显的仿制药替代现象，如在用于防治急性缺血的氯吡格雷上，上海实施几年总额预付后信立泰的仿制药泰嘉对原研药波立维的替代率出现快速上升，目前其在上海的替代率已经高出全国平均水平近15%左右。

　　据上述医院医师对上证报记者表示，心脑血管、抗肿瘤等用药上仿制药替代现象较为明显。对此，波士顿大中华区董事经理夏小燕亦对上证报记者表示，总额控制自2009年起在上海全面推广数年后，上海地区原研药市场比重已低于同期其他地区市场约10%-15%。

　　除仿制药替代外，如辅助用药、部分中成药、高值耗材和抗生素等临床必要性相对较小的药物也将受到影响，其中心脑血管用药较为明显。据北京某试点医院心脑血管科室医师表示，由于许多心脑血管慢性病医保患者都是长期在医院开药治疗，而出于控制医保支出的考虑，有可能部分非极必要的调理类药物使用将受到影响。

　　抗肿瘤类辅助用药在一些医院也遭到削减。上海某试点医院肿瘤科医师对上证报记者表示，在化疗过程中有许多辅助用药，如用于调理化疗中肝损伤的保肝类药物、提高化疗效果的增敏剂、用于化疗呕吐副作用的止吐药等，这类非直接具有抗肿瘤作用的辅助用药在总额控制后都将受影响，未来会考虑缩减使用或用廉价药物替代。

　　原研药市场或受冲击

　　伴随总额控制全面推行的是医保筹资收入增速的回归平缓。根据财政部公布的2013年社保基金预算编制情况，2013年全国城镇职工基本医保基金收入预计达6189亿元，同比增长11.2%，低于过去五年20%左右的平均增速。另一方面，新农合和城镇城乡居民医保等居民基本医保基金收入2013年预计为3763亿元，17%的增长速度亦明显低于此前平均增长水平。

　　而据瑞银证券预测，由于2009年以来参保人数趋于稳定，城镇医保筹资增速已出现明显下降，预计未来3-5年内职工医保筹资总额增速将逐步回落到15%左右，而医保筹资增速平稳下降长期看来必然会成为医疗支付的瓶颈，医保支出的控制将是未来各地医保要面对的问题。