农村医疗保险，是我国社会保障的一部分，更是我国经济建设的重要环节之一。我国农业人口占全国总人口的63．91%，农村医疗保险，可以使广大农民享受到医疗保险的实惠。自我国实行农村合作医疗保障制度后，农民持证可以到医疗保险定点医院就诊，享受优惠政策。但是，除了少部分经济发达的富裕农村外，大多数地区农村合作医疗开展的实际效果并不理想，因病致死、因病返贫的问题仍然难以解决。
目前农村医疗保险存在的主要问题有：
保障资金来源不足。建立完善的社会保障制度，最重要的就是解决资金来源问题。1991年我国城镇居民的人均社会保障支出为455元，如果参照这一标准，农村也实行同样待遇的社会保障，那就意味着国家每年将增加支出4550亿元。与增加4550亿元用于农村社会保障相比，国家更愿意将这笔钱用于“反贫困”、促进经济发展。因此在“发展优先与效率优先”原则指导下，政府尚无足够能力建立农村社会保障制度。其次，随着农村“费改税”的开展，乡镇财政、集体收入锐减，从试点情况来看，集体可支配收入减少，甚至出现收不抵支，因此，要在广大农村建立起统一的社会保险筹资制度，还需很长一段时间。
城乡之间医疗保健资源分配不均，卫生资源配置不合理。医术较高的医务人员大多聚集在大医院，农村大多数人经常利用的卫生资源是村卫生室或个体乡村医生，然而村里的卫生人员多半没有参加过正规的培训，并且有相当一部分村卫生室没有必要的消毒设备。
农村人口居前三位的疾病分别是呼吸系统疾病、恶性肿瘤和心脑血管疾病。患此类病多数会导致家庭收入下降，甚至陷入贫困，而这些疾病的发生原本可以通过保健知识的传播和普及而降低。县级医疗卫生机构，除县级医院外，还有中医院、卫生防疫站、妇幼保健站以及地方病和传染病防治机构等，这些机构大多自成体系，自己进行小而全的建设，不仅造成医疗卫生设施的低水平重复建设和卫生技术人员的浪费，而且增加了大量的非专业人员，增加了机构的运行成本，因此必须打破部门体制限制，促进城乡医疗卫生资源的流动和重新组合。
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