该企业实际按工资总额40%的比例为李某缴付养老保险2000元（5000元×40%），按当地政府规定，缴纳基本养老保险应为工资的20%，也就该企业为李某的基本养老保险应缴纳1000元（5000元×20%），这意味着该企业超标准为李某支付了养老保险1000（2000－1000）元。

　　按照财税〔2006〕10号文件的规定，李某养老保险个人负担部分不超标可按规定扣除，但对单位超过规定比例为其负担的1000元养老保险应并入其当期的工资、薪金收入，合并计征个人所得税。

　　为更形象地计算，假设不考虑各类社保扣费，李某该月实际上应该缴纳个人所得税为：【（5000+1000）（应纳税总额）-2000（个税费用扣除额）】*15%（对应的个税税率档次）-125（该档速算扣除数）=475元。

　　商业性养老险并入当月工资、薪金所得算个税

　　还有一些企业会为职工向商业性保险公司购买商业性补充养老保险，作为一种员工补充福利，提升团队凝聚力。

　　根据《财政部、国家税务总局关于个人所得税有关问题的批复》（财税〔2005〕94号）及《国家税务总局关于单位为员工支付有关保险缴纳个人所得税问题的批复》（国税函〔2005〕318号）规定，企业为员工支付各项免税项目之外的保险金，包括为职工个人购买商业性补充养老保险等，应在企业向保险公司缴付时（即该保险落到被保险人的保险账户）并入员工当期的工资收入，按工资、薪金所得项目计征个人所得税，税款由企业负责代扣代缴。

　　同时，《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函〔2009〕694号）也明确规定，对个人取得该通知规定之外的其他补充养老保险收入，应全额并入当月工资、薪金所得依法征收个人所得税。

　　如某单位在2009年12月，分别为其公司五位高层人员向当地一家保险公司办理了10000元的商业补充养老保险，这10000元就应并入该福利享受人员当月工资、薪金收入，合并计算缴纳个人所得税。

　　企业年金个税计算有“四不”原则

　　和前两种补充养老保险不同的是，企业年金的个税缴纳有特殊的处理方式。

　　企业年金，是指企业及其职工在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险。企业年金基金通常由企业缴费、职工个人缴费和企业年金基金投资运营收益组成。