企业年金是指企业及其职工在依法参加基本养老保险的基础上，自愿建立的补充养老保险；基本养老保险亦称法定保险，是按国家政策规定强制实施的为保障企事业单位退休人员基本生活需要的一种养老保险制度；商业保险是一种以保险合同为形式、以经济补偿为内容的民事法律行为。在这里基本养老保险是国家行为具有强制性；而企业年金、商业保险是企业和职工行为不具有强制性。由于三者性质不同，因此在计算缴纳个人所得税时也就存在着差异。

　　一、企业年金与基本养老保险等税收差异

　　企业年金与基本养老保险相同点在于，二者都由企业缴费和个人缴费两部分组成，且个人缴费部分均由企业按月代扣代缴并缴存到指定账户。但是在计算缴纳个人所得税却存在区别。

　　（一）企业缴费部分，企业年金要缴税而基本养老保险不超规定部分不缴税

　　国家税务总局《关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号）第二条规定，企业年金的企业缴费计入个人账户的部分（以下简称企业缴费）是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。因此企业年金企业缴费部分要缴税且单独适用税率。

　　财政部、国家税务总局《关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税[2006]10号）第一条规定，企事业单位按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税。企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。因此，企业按规定标准缴纳的基本养老保险等不缴税。

　　财税[2006]10号第二条规定，单位和个人分别在不超过职工本人上一年度月平均工资12%的幅度内，其实际缴存的住房公积金，允许在个人应纳税所得额中扣除。单位和个人超过上述规定比例和标准缴付的住房公积金，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。因此单位和个人按规定标准缴纳的住房公积金也可以在工资、薪金中扣除。