据已经实行城乡统一管理地区的典型分析和大致推算，重复参保的比例约占城乡居民参保人数的10%左右。按今年城乡参保居民人均财政补贴120元计算，财政将为约1亿参保居民重复补贴120亿元，明显增加了各级财政的不合理负担。三是重复建立经办机构和信息系统。经过十多年的努力，城镇医疗保险经办机构的信息系统已经基本完善，如果新农合再设立一套经办机构和信息系统，势必增加管理成本，降低管理效率，浪费大量财政资金。据厦门等城市财政局估计，假如参照城市医疗保险信息系统建设新农合信息系统，需要再投入约6000-8000万元 （不包括每年的维护费用）。全国是一个多么大的费用，可想而知！

如何解决 “三个不利于”和 “三个重复”的问题，实现基本医疗保障制度的全面协调可持续发展呢？中央指明了方向， 《关于深化医药卫生体制改革的意见》 （中发 [2009]6号）指出，要 “有效整合基本医疗保险经办资源，逐步实现城乡基本医疗保险行政管理的统一”。为贯彻落实中央医改文件要求，彻底解决 “三个不利于”和 “三个重复”的问题，不少地方已经开展了积极探索。

例如：广东省从2004年开始探索医疗保险城乡统筹，是全国推进速度最快的省市之一。全省21个地级市中，已经有深圳、珠海、东莞等10个市开展医疗保险城乡统筹探索，清远、阳江、梅州等市政府已经决定将新农合移交社保部门统一管理。福建省明确了人力资源社会保障厅统筹城乡医疗保障工作的职能，要求新农合信息系统依托职工医保信息系统，省政府每年拿出200万元专项经费对开展医疗保险城乡统筹的地区进行奖励。目前，厦门市和邵武、上杭等20多个县实现了医疗保险城乡统筹。福州市政府常务会议决定，积极创造条件将新农合移交社保部门管理。江苏省无锡、镇江、苏州、常州、泰州等城市积极开展城乡统筹的探索，各城市都十分注重制度衔接，出台了转移接续办法；同步提高医疗保险统筹层次，提高基金共济能力。四川省成都、乐山、广元苍溪等城市都对医疗保险城乡统筹进行了积极探索。据有关部门统计，目前已全面开展医疗保险城乡统筹的地区有天津、重庆和宁夏3个省级行政区、21个地级城市和103个县 (区市)。这些地区除浙江嘉兴和33县（区、市）城乡居民医疗保险由卫生部门统一管理外 （职工医保仍由社保部门管理），其余地区均由社保部门统一管理。