对于全民健保保险费率的确定，“中央健康保险局”至少每两年精算一次，提出的精算报告呈现未来25年的财务收支预估以及平衡费率的结果，供主管机关进行费率调整决策及筹划长期全民健保财务时参考。全民健保的保险费率自1995年3月开办到2002年8月底均维持4.25％，2002年9月起调整为4.55％；2010年4月为稳固经营，避免健保财务缺口继续扩大，以2年收支平衡为基础，调整至5.17％。
（二）全民健保运作体系：全岛统筹，垂直管理
全民健保为政府部门主办的社会保险，“卫生署”为主管机关，下设全民健康保险监理委员会、全民健康保险争议审议委员会、全民健康保险医疗费用协定委员会及全民健康保险小组等4个单位，规划全民健保政策并监督办理保险事务的保险人。“卫生署中央健康保险局”（以下简称健保局）为保险人，所需经费由政府财政预算列支。
健保局实行全地区垂直管理，依业务性质设置专业组室，规划各项业务措施的推动；在各地设有6个分区业务组，直接办理承保作业、保险费收缴、医疗费用审查核付及特约医事服务机构管理等服务，同时设置21个联络办公室为当地民众服务。
为明确组织定位，健保局于2010年改制为行政机关，健保局组织条例被修正为“行政院卫生署中央健康保险局组织法”。全民健保由高度垂管的健保局统一运作，充分发挥了高层次医保统筹的互助互济优势，方便民众在全岛享受医保服务，还能节约运行成本。
（三）循序渐进推进支付方式改革
控制医疗费用不合理增长是健康保险的世界性难题，全民健保自创办之日起就注意不断采用医保管理新技术，从医疗服务需求方（被保险人）和医疗服务供给方两方面引导医疗资源合理利用：对于医疗服务需求方，采用的医保管理技术主要有自付比例、分级诊疗差异化结报比例、封顶线等；对于医疗服务供给方，循序渐进地采用按病种付费、总额预付制、疾病诊断相关分类(DiagnosisRelatedGroups，DRGs)等支付方式，逐步建立起一套适合台湾地区的相对完备的健保管理体系，为医疗资源合理利用打下坚实的基础。
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