在改革的设计者和操作者看来，无论是在县层面用新农合融合城镇居民，还是在市层面用城镇居民医保融合农村居民，两制并轨、融合是大势所趋。至于由卫生部门还是社保部门来管理并不是问题的关键，关键是要由一个而不是两个部门来管理。

　　部门纷争未止，探索从一开始就遭到质疑甚至反对。按照国务院建立城镇居民医保的文件规定，社保部门是城镇居民医保的管理部门，一部分社保系统人士从管理权归属角度极力反对此事。而在负责新农合的卫生系统中，也有一部分人士持反对意见，认为城镇居民人群严重老龄化，纳入新农合是个“包袱”，会造成基金支出负担加重。

　　在去年底全国人大常委会三审《社会保险法》(草案)时，删掉了“两制衔接”条款。部分常委会委员认为，城镇居民的医疗服务需求和成本都远远高于农村居民，一旦合并实行，可能会造成城镇居民侵占农村居民利益。位于青海省东部的互助土族自治县选择在2010年1月1日后退出“两制衔接”试点。3月17日，青海互助县合作医疗管理中心一位负责人向《财经》记者证实，城镇居民医保已移交社保部门。

　　这样的选择多少有些无奈。一位熟悉内情的人士告诉《财经》记者，当地城镇人口2.9577万，其总城镇职工1.6143万，剩下1万多非就业的城镇居民，无法享受城镇职工医疗保险。而由于人数太少，也无法为其单独建立城镇居民医保体系，因此当地政府起初认为将其并入新农合不失为一个出路。

　　但是这项试点仅进行了一年便面临废止。据了解，事情发生转变，和城镇居民医保制度管理权归属有关。2007年7月，国务院发布了“关于开展城镇居民基本医疗保险试点的指导意见”(国发〔2007〕20号)，提出社保部门负责管理城镇居民医保工作，文件还提出2009年各地试点城市达到80%以上，2010年在全国全面推开。

　　互助县在2008年启动了城镇居民医保工作，当时确定由卫生部门主管，新农合管理中心具体负责管理。为此，青海省卫生厅还制订了“两制衔接”试点方案，于当年6月实施。但是到了2009年，在人社部要求下，同时参考了当地部分卫生部门的意见，青海省政府决定将城镇居民医保交给社会保障部门管理，牵头负责试点工作的卫生部门从中退出。

　　实际上，据知情人士向《财经》记者介绍，对于接手城镇居民医保，县社保局并无太大积极性。6名工作人员要管理1.2564万城镇职工、3791名企业退休职工和5000多名企业职工的医疗保险工作，任务繁重。如果再加上1万多城镇居民医保，任务更重。

　　不大愿意接手的另一个原因是城镇职工医保的参保人员均是优势人群，管理容易，同时基金结余率较高，而城镇居民医保则恰恰相反。财力硬道理，据了解，卫生部“两制衔接”试点暂时不会扩大。据卫生部人士向《财经》记者透露，从一年多试点情况来看，“两制衔接”更适宜在城乡差距较小的地区推广，全面推广难度较大。