新医改方案实施以来，经过3年的努力，医疗保险已经实现了制度覆盖全民。但辉煌的成绩难掩隐忧：由于大多数地方城乡实行双重制度，经办管理分离，数据库分割管理，重复参保已经成为一个比较突出的问题，制度并行使得城乡二元社会结构出现固化的迹象。尽管《“十二五”期间深化医药卫生体制改革规划暨实施方案》明确医疗保险制度将实行城乡统筹，但从各地整合的情况看，仍然困难重重。
重复参保一个不可忽视的漏洞
蒙文凯在北京工作了很多年，有劳动合同也有社保。不过由于他是农村户口，每年他还要在山西老家缴纳新农合的费用。
为什么在北京已经参加社保了，还要再参加新农合？蒙文凯说：“听说参加新农合自己缴费数额不多，而且政府一年还补贴200多块钱，就缴着吧。”
由于很多地方新农合扩面采取家庭参保的方式，在外务工人员或者在城镇上学的农村学生大都存在着重复参保的现象。
据报道，审计署上海特派办审计人员在审计安徽省两个县的新农合工作中，发现共有超过1.5万人同时参加了新农合和城镇居民医疗保险。审计还发现，由于新农合系统和城镇居民医保系统不对接，出现了同一参保人分别在两个系统报销的情况，个别人报销金额竟然超过了看病本身的费用总额。
有关部门的调查显示，全国的重复参保率在10%-15%，个别地方甚至达到30%。不仅如此，随着政府补贴水平逐年提高，财政补贴额度也越来越大。按照今年财政补贴标准计算，重复参保率在10%-15%的情况下，重复补贴将达240亿元-360亿元。一个不可忽视的财政漏洞形成了。
不仅如此，制度并行也造成了大量管理资源浪费。温州市人社局有关负责人表示：由于管理体制不统一，同是医疗保障制度却由多个部门管理，造成经办资源分散、财政投入重复、服务管理效率低下。
已经实现统筹城乡的厦门市曾经估算过，建一套新农合信息系统，一个市需要投入当期费用6000万元-8000万元，这还不包括每年的维护费用。如果全国600多个市、2000多个县都如此，财政买单费用可观。
