城乡二元结构一直为社会所诟病，医保制度城乡分设却又将已经有所松动的二元结构进一步固化了。
蒙文凯说：“按理说，我在两地参保，生病了可以报销两次吧。但是从来没有。由于参加合作医疗的农民需要在当地的定点医院就医报销，我在北京工作，不可能回到山西老家看病。缴费对我来说只是尽了义务，没有享受权利。”
现在，农村大部分是空心村，中青年劳动力外出打工。在外地生小病，他们只能在打工所在地看病，这意味着参加新农合得不到实惠。即使是急诊，在打工所在地就医享受新农合的报销也不容易。
蒙文凯告诉记者，他参加城镇职工医保的原因，一方面是企业也需要缴费，另一方面就是报销比例高。尤其在北京实行就医实时结算之后，看病更加便利。“报销不用自己垫付，方便得很，应该比新农合实惠。”
记者了解到，由于新农合统筹层次比较低，因此县与县之间的报销比例也存在不小的差距。拿北京的特殊病患者为例，同样的癌症患者，门头沟的病人只能享受40%的报销比例，顺义地区能报销55%，延庆、怀柔的报销比例更高。统筹层次低造成了县与县之间、区与区之间的待遇存在差别。
中国社会科学院研究员陆学艺抨击这种双轨制的医保制度为同命不同价。
制度并行的不合理，对人力资源流动造成了障碍。最直接的影响是，医保关系无法接续，待遇无法衔接，重复参保就不可避免。这种障碍在流动人口集中的温州市更加突出。该市人社局的负责人表示，制度重复设置不利于城乡经济协调发展和人员合理流动。
制度整合更待何时
城乡统筹尽管在《社会保险法》中没有明确，但是在《规划方案》已经做出了安排。
《规划方案》中写道：“加快建立统筹城乡的基本医保管理体制，探索整合职工医保、城乡居民医保和新农合制度管理职能和经办资源。”并且指出，“有条件的地区探索建立城乡统筹的居民基本医疗保险制度。按照管办分开原则，完善基本医保管理和经办运行机制，明确界定职责，进一步落实医保经办机构的法人自主权，提高经办能力和效率。”这些文字传达的信息就是：医保城乡统筹、实现管理整合和制度融合是必然趋势。
