694号文件规定的补缴年金个税方法为：以每年度未扣缴企业缴费部分为应纳税所得额，以当年每个职工月平均工资额的适用税率为所属期企业缴费的适用税率，汇总计算各年度应扣缴税款。

　　9号公告则对于694号文件所述的“月平均工资额”作了进一步解释，即：

　　职工月平均工资额=当年企业为每一职工据以计算缴纳年金费用的工资合计数÷企业实际缴纳年金费用的月份数

　　上式工资合计数不包括未计提企业年金的奖金、津补贴等。

　　在此，9号公告对于694号文件的月平均工资额不但明确了具体的计算方法，而且比起694号文件而言，9号公告中的月平均工资额并非为税法意义上的月工资薪金所得，而仅为企业据以计算缴纳年金费用的工资合计数再除以实际缴纳年金费用的月份数后所得到的平均数，使其计算结果中不含企业未计提年金部分的奖金、津补贴等。

　　如此计算月平均工资额，对于一些按全额工资为个人缴纳年金的个人应无差别，但对于一些仅按基本工资为个人缴纳年金的个人则相应地降低了税负，因为月平均工资额的高低直接影响着计算年金适用税率的高低。

　　根据上述规定找出企业缴费部分年金适用税率后，对于补缴个税的计算继续按下式计算：

　　纳税年度内每一职工应补缴税款=当年企业未扣缴税款的企业缴费合计数×适用税率－速算扣除数

　　694号文件仅明确企业缴费部分计算补缴个税时，以当年每个职工月平均工资额的适用税率为所属期企业缴费的适用税率再按月平均工资额适用税率，但该规定出台后，对于选择适用税率后是否可将这部分再减除速算扣除数一直存在着争论，而此次9号公告则明确规定可以减除速算扣除数，这也是9号公告对于694号文件的进一步补充解释与明确。

　　3、明确了如果计算结果为零后，适用税率调整为5%.

　　9号公告对于公式的解释应该说考虑到了多种情况，对于按照补缴企业缴费部分在适用速算扣除数后出现小于0的结果时，通常情况下可能会理解为不需缴税，但此次9号公告对此明确为如果计算结果小于0，个人仍须按最低税率5%进行补缴，再一次体现了年金征税的原则。

　　五、计算年金时需要注意的问题

　　9号公告发布后，企业在应用该文件相关规定时需要注意计算方法的适用时间问题。

　　1、9号公告的实施时间为2011年1月30日，即，企业为个人代扣代缴年金个人所得税时需要注意，对于将个人当月工资薪金所得与企业缴费部分之和不足2000元不用缴纳个人所得税的规定，2011年1月30日以后扣缴的情况方可适用。

　　2、企业补缴以前年度年金个税时，企业缴费部分个人所得税按9号公告计算公式进行补缴的规定，仅用于2011年1月30日后尚未补缴的情况。

　　纳税提示：2009年12月10日，国家税务总局发布《关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2009]694号），明确年金企业缴费部分要单独算一个月工资收入进行纳税。这意味着即使企业为个人缴纳10元的年金也要纳税，这显然与年金作为养老保险补充的初衷相违背。因此，国家税务总局近日又下发《国家税务总局关于企业年金个人所得税有关问题补充规定的公告》（国家税务总局公告2011年第9），明确表示，年金的企业缴费部分加上个人当月工资未超个税起征点的不缴个税 。