——部分单位城镇职工基本医疗保险基金仍封闭运行。截至2011年底，有158家单位仍自行管理城镇职工基本医疗保险基金298.34亿元，其中44家单位执行不同于当地的缴费基数和缴费比例政策，有51家单位执行不同于当地的待遇核定办法。
四、需要进一步研究完善的问题
——部分险种间尚未完全实现有效衔接。城镇职工基本医疗、新型农村合作医疗（以下简称新农合）、城镇居民基本医疗三项基本医疗保险中，城镇职工和城镇居民基本医疗保险以个人为单位参保，新农合以家庭为单位参保，险种间保障对象有交叉，即便同一险种各地政策也有差异。上述情况造成重复参保，截至2011年底，538.47万人重复参加新农合、城镇职工或城镇居民基本医疗保险，造成财政多补贴7.92亿元。
——部分地区保障政策尚不完全统一。3个市本级和5个县未履行规定的报批程序，自行降低缴费比例或缴费基数，少征医疗保险费收入4.24亿元；1个县自定政策，对城镇职工基本医疗保险的参保年龄、户籍等参保条件作出限制；14个非独立行政区划的开发区执行不同于当地的城镇职工基本医疗保险政策。
此外，部分地区未严格做到专款专用，有150.8亿元城镇职工基本医疗保险基金在不同保障项目间相互串用等。
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