（1）年金金额不能随意扩大，应严格遵守相关行业规定
《企业年金试行办法》规定，企业缴费每年不得超过本企业上年度职工工资总额的1/12。企业和职工个人缴费合计一般不超过本企业上年度职工工资总额的1/6。职工在达到国家规定的退休年龄时，可以从本人企业年金个人账户中一次或定期领取企业年金。职工未达到国家规定的退休年龄的，不得从个人账户中提前提取资金。
（2）设立年金计划的企业，实行全员全额扣缴明细申报制度
《通知》规定，设立企业年金计划的企业，应按照个人所得税法和税收征收管理法的有关规定，实行全员全额扣缴明细申报制度。企业要加强与其受托人的信息传递，并按照主管税务机关的要求提供相关信息。对违反有关税收法律法规规定的，按照税收征管法有关规定予以处理。根据《通知》规定，可以采取年金计算方法的应为符合《企业年金试行办法》中相关条件的部分，并非所有的补充养老保险都可以采用《通知》规定的年金的计税方法。目前有些跨国公司向在中国境内雇佣的员工推广使用其在境外总部的企业年金计划，如果该类计划不符合我国《企业年金试行办法》的要求，则企业需要按照《通知》的规定，全额将企业缴费部分并入员工当月工资、薪金所得依法缴纳个人所得税，由此产生的税负一般会比适用《通知》第二规定计算方法的税负高。
（3）企业缴费不能归属个人的部分，应退还已经扣缴的个人所得税
对因年金设置条件（如雇佣期限等）导致的已经计入个人账户的企业缴费不能归属个人的部分，其已扣缴的个人所得税应予以退还。具体计算公式如下：应退税款=企业缴费已纳税款×（1－实际领取企业缴费÷已纳税企业缴费的累计额），上述公式中实际领取企业缴费应包括已经可以享受的企业缴费。参加年金计划的个人在办理退税时，向主管税务机关申报，需要提供下列材料经主管税务机关核实后，予以退税：1、居民身份证；2、企业以前月度申报的含有个人明细信息的《年金企业缴费扣缴个人所得税报告表》复印件；3、解缴税款的《税收缴款书》复印件等资料；4、由企业出具的个人实际可领取的年金企业缴费额与已缴纳税款的年金企业缴费额的差额证明。
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