第一，转移部分用人单位缴费，存在发达地区对基本养老保险资金的截流问题，没有正确地处理不同地区的社会保险利益关系。

基本养老保险用人单位缴费为缴费工资的20％，而转移基本养老保险关系时转移个人账户资金以及缴费工资的12％，即用人单位缴费另一部分（缴费工资的8％）没有转移，而被截流。虽然转移了用人单位缴费的一部分（缴费工资的12％），但是转移基本养老保险关系的参保人的基础养老金的权益并不受损失。这样，对接受基本养老保险关系的地区仍不公平，可能导致一些地区为了本地区的基本养老保险基金的收支平衡，尽量设置一些障碍，阻碍接受基本养老保险关系。而且城镇企业职工社会保险中人有一段工龄没有缴费记录，视同缴费。接受社会保险中人的基本养老保险关系，就意味着承担了更多的养老金支付压力。各地仍有可能设置人才流动的年龄壁垒。

第二，以财政的力量补助中西部，以平衡不同地区的社会保险利益关系，增加了财政的负担。

鉴于转移部分用人单位缴费对接受基本养老保险关系的地区的不利影响，人力资源和社会保障部曾表示，国家将对中西部地区进行补贴，利用财政的力量平衡不同地区的社会保险利益关系。基本养老保险收支要坚持“大体平衡，略有节余”的原则，尽量不要拖累财政，这是基本养老保险工作的准则之一。因此，在地区统筹的情形下，转移部分用人单位缴费，可能形成中西部地区社会保险机构长期依赖上级财政的借口，可能长期拖累中央财政。

第三，养老金领取地原则突破了户籍的限制，在基本养老金地区统筹和不改革现行的基础养老金计发办法的情形下，容易引起退休移民的问题。

跨统筹地区的就业人员累计缴费满15年，并在同一统筹地区参加基本养老保险缴费满10年，就可以在该统筹地区享受养老金。我国各省市的经济发展水平极不平衡，而目前我国的基础养老金计发办法总体上体现的还是平均主义，只要缴费年限相同，无论缴费贡献大小，在同一统筹地区，基础养老金仍然相同。在地区统筹和不改革现行基础养老金的计发办法的情形下，一个在中西部地区工作并参保满5年者，在发达地区挂靠一个单位，并且本人愿意履行个人和用人单位全部缴费义务，且达到在发达地区累计缴费满10年，就可以在发达地区享受基本养老金。养老金待遇往往与医疗保险待遇相关联，这样引发的退休移民问题，不利于发达地区的基本养老保险基金和基本医疗保险基金的收支平衡。