首先，企业年金的个人缴费部分，不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除。其次，企业年金的企业缴费计入个人账户的部分，不与正常工资、薪金合并，应单独视为一个月的工资、薪金。再者，企业年金的企业缴费计入个人账户的部分，不得扣除任何费用。最后，企业按季度、半年或年度缴费的，在计税时不得还原至所属月份，应均作为独立一个月的工资、薪金。
还需要特别说明的一点是，企业为职工一次性缴纳的年金，不属于一次性奖金，不能按照《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2009]9号）的规定，将上述一次性缴纳的年金除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数的办法来计算缴纳个人所得税。
只能作为单笔单月收入计算。
案例2：企业年金的个人所得税如何计算缴纳？
某公司从2009年1月份起建立企业年金基金，企业缴费部分为上年度职工工资总额的4%，个人缴费部分为4%.
该公司员工赵先生，2009年12月份工资、薪金收入为6000元（为方便计算，不考虑社会保险费等的扣缴），企业为其代扣企业年金240元，企业缴费的企业年金为240元，则赵先生的个人所得税应根据上述原则做如下计算扣缴。
2009年12月当月，赵先生的工资、薪金收入6000元（为方便计算，不考虑社会保险费等的扣缴），企业应为其代扣代缴个人所得税为：6000-2000（个人所得税费用扣除额为2000元）×15%（对应的税率等级）-125（对应的税率等级的速算扣除数）=475（元）。
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