参合人患大病发生高额医疗费用的情况下，按现行新农合政策补偿后，需个人负担的合规医疗费用超过起付线部分，再由大病保险给予保障。
1、起付线。参照当地统计部门公布的上一年度农村居民年人均纯收入，具体标准由设区市政府确定；对符合医疗救助条件的参合人，起付线下降50%，起付线每参合年度内只扣减一次。
2、合规医疗费用。以设区市为单位，按参合人住院治疗的流向，分为市内和市外二类。
（1）市内合规医疗费用是指参合人在市、县、乡级定点医疗机构住院，住院期间实际发生的、合理的医疗费用作为合规医疗费用，设区市可规定不予支付的事项。
（2）市外合规医疗费用是指参合人在省级定点医疗机构、非定点医疗机构住院，住院期间发生的可报费用作为合规医疗费用。
（3）按住院补偿办法进行补偿的门诊大病、重大疾病的门诊医药费用纳入合规医疗费用范围。具体如下：
恶性肿瘤放化疗、肾衰透析、血友病输血（含Ⅷ因子）、器官移植后抗排斥治疗的门诊医药费用纳入合规医疗费用范围。在市、县级定点医疗机构进行器官移植后抗排斥治疗，因病情需要选用的超出新农合基本用药目录外的抗排斥药物(含进口药品)，纳入合规医疗费用范围。
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