目前，医联体采取的是理事会领导下的总监负责制，已成立的理事会由市卫生局、申康医院管理中心、区卫生局、交大医学院以及社会有关方面的代表共同组成，并将由理事会聘请总监，业务、财务、人事、管理都由总监负责，总监再进一步遴选副总监、财务、人事、医疗质量等各部门负责人，联合体内所有医疗机构不能独立开展业务，必须通过新的管理机构运作，基层医院的院长负责执行。
“这种总体设计思路在政府层面已达成一致，但若没有制度上的保障和相对统一、独立的运营体系，要做好医联体是很难的。”上海交通大学副校长、瑞金医院院长朱正纲在接受媒体采访时说。
“归根结底涉及到经济利益，别人为什么要把病人转给你？再如医保额度问题，假定瑞金医院原来有5000万元的医保额度，如果运行医联体，我的病人少了，政府就把我的医保额度减少，那我们医院的经济利益就会受到损失。所以只有政府配以适当的政策才能有效推进改革的深化。”
上海市政协委员金如颖认为，与之前各种医疗资源整合的模式相比，“医联体”以理事会为中心，统一管理，运行更高效。但仔细探究，其中仍然存在风险。
“根本问题是医联体目前还不具备独立法人资格，还没有独立明确的法律地位。”金如颖指出，作为最高决策机构的理事会，在实际管理运营，如人员录聘、资产管理、管理机构设置、管理者权限等方面，并没有获得独立法人的相应权限。许多本应公立医院自身管理决策的事务，实际上都由政府的相应主管部门代为管理，责权不明晰。
不过，由于涉及更坚深的改革问题，并非在上海市层面就能协调，给予医联体独立法人地位的提议并未被提上议事日程。
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