人民医院院长王杉认为，医院取消药品加成后，形成的政策性亏损有多少、通过什么渠道来补偿，关键是政府要先核算清楚每家公立医院的医疗服务支出与收入。在没有企业化成本核算的基础上，无法科学定价药事服务费或其他技术性的医疗服务收费，也无法明确政府的增加投入。
北京市卫生局局长方来英表示，今年，北京所有公立医院都要进行成本核算。这些核算数据，将是政府对公立医院进行分类、合理补偿的基础。现在有很多医院说自己亏损，但政府增加补贴的前提是，必须了解医院真实的医疗收入与医疗支出情况。
中国社会科学院研究员余晖说，对于看病就医的患者来说，虽然增加了几元钱的药事服务费支出，但却大大减轻了医院以往多开药、开高价药带来的负担。而通过调整部分技术服务收费标准，使其真正反映医疗服务成本，能体现医务人员的技术和劳务价值。
此外，他指出，医改方案明确增加政府投入主要对基本建设和设备购置、重点学科发展、符合国家规定的离退休人员费用、承担的公共卫生服务等任务以及政策性亏损给予补助，这表明增加的政府投入并不意味着政府对取消药品加成政策予以直接补助。
【关键词·医院转制】
国企部队医院拟先改制
截至2008年底，全国共有医院19701个，其中公立医院13111个，占据绝对主导地位。从主办单位来看，公立医院除了隶属于卫生部门的外，还包括其他行政部门、高校、国有企业、部队管理的医院。
一位不愿透露姓名的医院院长表示，“中国卫生资源总体是不足，但局部是过剩的，过剩的那块就可以转。”首先列入改制、整合的可能会是国有企业办的、部队办的公立医院。此外，由于这些公立医院历史包袱较重，“当地卫生部门不愿意要”。
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