首先，将原有单一约束机制转变为约束激励复合机制，经医保部门年终考核，确因加强管理、控制不合理费用支出而导致实际申报费用低于预付额度的部分由医院留用，每年9月，还会针对医院运行中出现的特殊情况，利用机动预算对定额作出调整。以仁济医院为例，该院2009年结余医保费用250万元，这个数额在2010年和2011年分别增长到了2501万元和5096万元，大大调动了医院的积极性。
其次，通过“三轮协商”，让医疗机构在确定医保预算指标的分配上有了自主权，提高预算分配的公平性。每年4月前后“切蛋糕”前，上海市医保办组织召开医院代表会议进行自主协商，第一轮先将下一年度的医院预算总额划分为三级医院和一二级医院预算总额，第二轮协商确定三级医院预算总额分配方案以及各区县医保总额分配方案，第三轮协商确定各区县内一二级医院的总额分配方案。
第三，加大对医疗机构超预算费用分担力度，实行“双总控”机制。医疗机构超医保预算的分担比例从初始的10%逐步提高至40%。经测算，分担比例提至四成后，医院冒险超支就基本失去了盈利空间，从而有效遏制了医疗机构做大医保盘子的冲动。同时，医保部门在控制总费用的基础上，增设了药品费用增速控制指标，医院药品费用原则上控制在比上年增加7%左右，超过部分不予支付。
逼着医院管好医生
诊疗行为方式在改变
通过数字变化，能够直观地看出上海市实施总额预付制改革的成效：2011年1月~10月，上海市医保支付费用总额增速降至10.5%，比2010年同期增速降低0.6个百分点，比2008年和2009年分别降低了7.9个百分点和7.3个百分点，为近年来最低水平。
在“双总控”机制下，药品费用增速下降成为拉动总体费用趋缓的重要原因，2011年1月~10月，定点医疗机构申报预算管理内药品费用增速低于总费用增长水平约3.6个百分点，较2010年同期8.1%的增速下降1.2个百分点，比2008年和2009年分别降低21.5个百分点和11.2个百分点。
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