为了让医保总额分配更科学、公正、合理，2008年起上海市医保部门引入了院长协商机制，更多地听取医院的声音。
目前上海实行“三轮协商”，第一轮，由全体医院代表协商，确定三级医院和一二级医院预算总额划分比例；第二轮，由三级医院和一二级医院分组协商，三级医院代表协商预算分配到具体医院，一二级医院代表协商确定各区县的预算总额；第三轮由区内一二级医院协商分配。
经过十年改革，上海逐渐形成了在预算总额管理框架下，以按服务项目付费为基础，总额预付为主体，精神病住院费用按床日付费、部分住院病种按病种付费等多种支付方式并存的混合支付模式。
但是，对于上海的支付改革并非没有非议和指责。周海洋也坦言，这个过程中依然存在很多问题，比如预算安排是用历史数据，其科学性、合理性存在不足。比如缺少考核评估的管理办法，比如合理控费带来负面影响，像推诿病人、红发票（让老百姓用医保支付费用以外的药和器械）。
不过，总体来说，改革还是在上海起到了积极效果。
周海洋称，借助这种混合支付模式，上海确保了医保基金的收支平衡。从2002~2011年，医保基金收入年均增长15%，支出年均增长12%。
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