在推行基本药物制度后，吉林省亦参照国家发改委去年9月公布的基本药物零售指导价确定了最终中标价。
“招投标、零差价后，老百姓得的实惠是小头，药商得的是大头”，吉林省公主岭市（隶属四平市）卫生局副局长赵中立说。
吉林省永新医药集团董事长刘永新告诉本刊记者，招投标价格与流通企业关系不大，主要由生产厂家报价。从生产企业的角度看，可能是为给流通企业预留一部分配送费用而提高了价格。“以青霉素为例，中标价格是1元钱，生产企业给我们是9毛钱，留了1毛钱的配送费用。”
然而，配送费到底应该几个点，刘永新说大家心里都没数，以青霉素为例，配送到长春市，1毛钱肯定够了，但是如果配送到乡镇医院，成本肯定要增加。“这个配送成本多大比例合适，到现在为止还没有测算出来，生产企业一般会给我们留10～15个点。”
原因之二是基本药物推开后，医院“隐性”的经费缺口问题凸显。
记者采访发现，基层医疗机构“以药养医”的现象远比想象中严重，药品加成远远高于国家规定的15%～25%，有的达到60%～70%。特别是乡镇卫生院，由于其人才匮乏、设备陈旧、技术水平低等原因，药品收入在总收入中的比例甚至高达80%～90%。
在实行基本药物零差率后，基层医疗机构受到很大冲击，收入急剧下降。九台市龙家堡镇卫生院今年前5个月收入140万元，推行基本药物制度后的六七八九四个月，医院总收入降至50万元。
一位基层医务人员向本刊记者表达不解：“药品是一个利益链条，这个链条上有生产企业、经营企业，最后才是医院。为什么这个利益链的前两个环节不动，只动医院这个最后环节呢？”
赵中立表示，实行基本药物制度的4个多月来，全市31个基层医疗机构已经拖欠药款70多万元、职工工资80多万元。
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