据了解，实行基本药物零差价后，除了长春市，吉林全省多数基层医疗机构只拿到了省里的一次性补助5万元，有些卫生院连这5万元也没有足额拿到。
“不让卖药，又不给补偿，再这样下去就挺不住了”，一些基层卫生院院长反映，实行基本药物制度后的这几个月，医院全靠东挪西借维持。赵中立说，由于基层医疗机构有公共卫生均等化补贴，暂时可以勉力支撑，“如果新年后还是这种状态，职工即使不上访，也会不干了。”
业内人士分析称，吉林省相关部门曾对实行基本药物制度后如何补偿进行过测算，但是卫生部门和财政部门的统计口径与计算方法不太一致，以致在核定收支和任务时很难达成一致。加上国家层面的大政策不出，地方操作起来无所适从。
有基层卫生工作者呼吁，国家应尽快研究基本药物综合改革配套措施，或者用基本药物制度推进综合改革，“目前基本药物制度推进艰难的关键在于，从省里到地方都是单一执行医改，执行零差价，其他政策都不到位”。
在中国不少县级财政是“吃饭财政”、“喝粥财政”的现实下，基层医疗机构渴盼的补偿途径，仍有待寻觅。
补偿机制的滞后，是否会拖慢基本药物制度自身的建设进程，甚至使已经实施基本药物制度的基层医疗机构“另谋出路”、形成反弹，颇令人关切。
除补偿不到位外，基本药物品种不够多、便宜药消失、招标采购“重价格、轻质量”等问题也逐渐浮出水面。
周岁后的基本药物制度，将如何应对上述挑战？
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