卫生部部长陈竺曾形象地说，医疗保障和医疗服务之间并不是互相掣肘的关系，而是共同服务于健康改善的关系。如果比作一个人挑担子，那么这个人的目标就是改善健康。一副担子只有挑在一个人的肩膀上，才能更好地兼顾两个筐的平衡。因此，新农合的管理模式又被称为“一肩挑”。

　　美国著名经济学家弗里德曼曾把人类的经济活动分为四类：第一类是“花自己的钱，办自己的事”，第二类是“花自己的钱，办别人的事”，第三类是“花别人的钱，办自己的事”，第四类是“花别人的钱，办别人的事”。其中，第一类花钱最少、效率最高；第四类花钱最多、效率最低。而卫生部门管理新农合资金就属于第一类。

　　浙江省卫生厅副厅长徐润龙说，守粮仓的老鼠之所以偷粮，根本原因是由于粮仓不是老鼠的。否则，老鼠肯定能看好自己的粮食，合理取用。集医疗保障与医疗服务于一体的管理体制，从财政角度看，应该是强化了医保资金的预算管理；从支付方式改革的角度看，可以理解为一种更高层次的总额预付制度，这也是国际上先进国家医保制度的发展趋势。

　　北京大学医学部主任助理、公共卫生学院教授吴明认为，医疗保障与医疗服务管理分离，客观上形成了两个部门之间的博弈，在缺乏政府多个部门有效合作激励机制的前提下，不利于在改善患者健康的同时控制不合理的医疗费用。由于社保部门缺乏行政管理手段，一些医疗机构利用信息不对称的垄断地位与社保部门“讨价还价”，将责任转移给社保部门，有的甚至推诿病人，把风险转嫁给患者。医保部门更为关注资金的收支平衡，没有把控制医保费用与改善患者健康有机结合起来。在管理新农合的过程中，卫生部门可以采用有效的支付方式，结合对定点医疗机构的综合考评，促使医疗服务行为规范化，控制医疗费用的不合理增长。

　　中国社科院劳动社会保障研究中心主任王延中认为，卫生部门“一手托两家”，既能充分考虑“两家”的利益诉求，又能有效抑制“两家”的矛盾冲突，不偏不倚，引导供需双方的行为向着合理的方向发展，有利于实现满足医疗服务需求和控制医疗费用的平衡。

　　一项调查显示，在全球126个国家中，有117个国家的医疗服务和医疗保障由一个政府部门统一管理。即使少数医疗服务和医疗保障仍然分离的国家，也出现了由医疗保障基金自办医疗机构并提供服务的自我合并趋势。专家认为，所谓的“第三方付费”模式，在提高医疗卫生管理水平、控制医疗费用等方面并没有明显优势，反而由于管理分离而造成掣肘。因此，由卫生部门统一管理医疗保障和医疗服务已成为国际主流。

　　卫生部卫生发展研究中心研究员王禄生认为，新农合之所以能够用很低的成本投入实现相对较高的保障目标，一个重要的原因就是卫生部门充分利用自身的专业优势，根据筹资水平的增长及时调整补偿方案，并有重点地提高儿童白血病、先天性心脏病等重大疾病的保障水平。特别值得强调的是，新农合从一开始就规定：基金累计结余率不超过当年统筹基金总额的25%，当年结余率不超过当年统筹基金的15%，从而使绝大部分基金用在农民身上，最大限度地满足其医疗服务需求。

　　吴明认为，医保基金补偿已经成为各级公立医院收入的最重要部分。将医保基金与政府投入通盘考虑，有助于公立医院补偿机制转换，逐步解决“以药养医”的顽疾，使公立医院回归公益性。卫生部门在管理医疗服务的同时管理医保基金，可以将支付方式改革与临床路径、质量管理以及对医院和医生的激励紧密结合，实现提高医疗质量、控制费用不合理增长的综合目标。