2、企业在实际操作中尤其需要注意的是，可采取企业年金计算方法的应为符合《企业年金试行办法》中相关条件的部分，并非所有形式的补充养老保险都可以采用国税函[2009]694号文规定的方法计算缴纳个人所得税，这是其与企业所得税政策最大的不同之处。对个人取得该文件规定之外的其他补充养老保险收入，应全额并入当月工资、薪金所得依法征收个人所得税。
3、在国税函[2009]694号文下发前（2009年12月10日之前），企业已按规定对企业缴费部分依法扣缴个人所得税的，税务机关不再退税；企业未扣缴企业缴费部分个人所得税的，税务机关应限期责令企业按以下方法计算扣缴税款：以每年度未扣缴企业缴费部分为应纳税所得额，以当年每个职工月平均工资额的适用税率为所属期企业缴费的适用税率，汇总计算各年度应扣缴税款。
例如：李某所在企业2008年为其建立年金，李某2008年1～12月个人所得税应纳税所得额合计36000元，企业为其支付企业年金合计为3600元，但对支付的企业年金均未扣缴个人所得税。根据国税函[2009]694号文规定，企业须按如下方法补扣税款：先计算李某2008年月平均工资额：36000／12＝3000（元），确定适用个人所得税率为15%；再计算企业为李某支付的3600元企业年金应补缴的个人所得税为：3600×15%＝540（元）。
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