外出务工人员“捆绑”在制度内给被保人带来不便，增加了制度管理难度和成本。一些劳务输出大省为解决农民工看病难问题在外地设立定点医院，又进而产生农民工之间的不公平、实际操作困难、代价昂贵的行政成本问题，陷入了制度投入与产出严重不成比例的怪圈。2010年初，相关部门颁布的关于流动就业人员医保关系转移接续暂行办法对一问题应该可以起改善的作用⑨。
自愿原则下，对农民征收保费的高昂成本，也降低了制度的效率。
这一系列强调个人效率的措施的结果是，大量行政成本与合作医疗基金有限性约束并存，弱化制度保障作用，进而影响农民参合积极性，政府又面临制度目标、社会公平与个人效率之间的选择。这些问题形成一个恶性循环的链条。
三、新型农村合作医疗制度的社会保险学思考。
人们认为，新型农村合作医疗制度继承了传统合作医疗制度的名称，因为有了政府的投入而冠以“新型”二字。事实上，新型合作医疗制度从本质上来说，它已经完全不同于传统的合作医疗组织，它既不是“合作”性质的组织，也不是“医疗”制度，它已经是具有“社会”性质的“保险”制度，不是我们在“合作医疗”前面加上“新型”两个字就能准确表达与传统合作医疗的区别的。
（一）新型农村合作医疗制度本质上已经是社会医疗保险制度。
社会医疗保险是政府强制征收医疗保险费用形成医疗保险基金，当被保人相关保险标的发生保险事故并引起经济损失时给以补偿的风险分担机制。新型合作医疗制度除了“自愿原则”外，它本质上已经是社会保险制度，而不是成员间互助的“合作医疗”组织。
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