2008年，新农合制度实现全面覆盖，参合人数超过8亿，成为世界上覆盖人数最多的医疗保障制度，形成了符合中国国情和农村实际的制度框架和管理运行机制。
在组织管理方面，建立了由政府领导、卫生部门主管、相关部门配合、经办机构运作、医疗机构服务、农民群众参与的管理运行机制。各县(市、区)普遍设立了新农合经办机构，成立了由相关部门和农民代表组成的新农合监督委员会。
在基金筹集方面，建立了以家庭为单位自愿参加，主要以县(市、区)为单位统筹、个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。各地积极探索和创新农民缴费方式，采取农民定时、定点主动缴纳，或委托信用社、定点医疗机构和乡镇财税所等机构代收，也有一些地方采取经村民代表大会通过后由村民委员会集中收取的办法。
在补偿范围方面，形成了以补助住院费用为主，逐步开展并扩大门诊统筹范围的统筹补偿方案，并有重点地针对儿童白血病、先天性心脏病等疾病，提高保障程度。
在费用结算方面，积极推行定点医疗机构即时结报的做法。参合农民在县内定点医疗机构就诊结算时当场结报医药费用，并积极推进省市级定点医疗机构即时结算工作。
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