(四)农村医疗卫生机构的服务水平需进一步提高。农村卫生机构，特别是乡镇卫生院和村卫生室卫生技术人才缺乏的问题进一步显现。由于补偿机制不完善，医疗机构在一定程度上仍存在追逐经济利益的倾向，造成不规范的医疗行为和费用不合理上涨，极个别地方还出现了医疗机构弄虚作假、违规套取新农合补助资金的现象。
(五)新农合规范化管理缺乏法律的支撑。新农合制度实施以来，主要是通过政策文件来推动制度的建立和发展，然而，仅靠政策文件推动工作的做法已经不适应新农合的不断发展，迫切需要刚性更强、效力更高的法律法规对新农合相关主体的权利、义务、法律责任等作出明晰的界定，并建立相应的保障机制和违规处罚机制。
(六)新农合制度发展中存在的其他问题。一是在城乡医疗保障发展过程中，城乡居民基本医疗保障的政府补助标准差距有逐步扩大的趋势，不利于缩小城乡差距、统筹城乡协调发展。二是随着城镇居民医保的开展，制度间的衔接，农民工、流动人口的医疗保障既存在空白也有重复参保的问题。一些地方将农村中小学生统一纳入城镇居民基本医疗保险，改变了参合人群结构，加大了基金运行风险，也容易造成重复参保和参合。
四、新农合制度的未来发展方向
(一)统筹城乡医疗保障发展，不断提高新农合保障能力，逐步缩小城乡医疗保障差距。
不断缩小城乡医疗保障的差距是统筹城乡发展的应有之义和必然要求。各级政府应在稳步提高新农合筹资标准，力争2012年达到每人每年筹资300元的基础上，逐步缩小政府在城乡医疗保障投入力度上的差距，使城乡医疗保障投入水平达到一致。
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