在医疗机构监管方面，各地普遍建立定点医疗机构准入机制，实行动态管理。设立新农合基本诊疗和药品目录。探索采取单病种定额付费、按人头预付、按床日付费和医药费用清单制。加强结算审核和补偿报销情况的公示，加大对县域外定点医疗机构的监管力度。
二、新农合制度进展顺利成效显著
新农合是现阶段我国农民基本医疗保障的重要形式，是我国农村卫生改革发展的一项重大制度创新。从总体上看，新农合制度进展顺利，运行平稳，一定程度上解决了农民因病致贫、返贫问题，开创了政府得民心、群众得实惠、卫生得发展的共赢局面。
一是覆盖面不断扩大。2003年，全国只有333个县(市)开展试点，8000万农民参加。到2009年，全国已有2716个县(市、区)建立了新农合制度，覆盖了全国所有含农业人口的县(市、区)，参合农民8.33亿，参合率达94%。
二是筹资水平稳步提高。2003年，参合农民人均筹资标准为30元，2006年、2008年和2010年分别提高到50元、100元和150元，中央财政对中西部参合农民的人均补助标准从10元分别提高到20元、40元和60元，并对东部省份参合农民给予一定补助。全国新农合基金规模从2003年的40亿元提高到2009年的940多亿元，其中中央财政补助资金约270亿元。
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