一是要不断规范和完善新农合运行机制。在国家的指导原则下，各省(区、市)制定相对统一的统筹补偿方案，避免高等级医疗机构补偿水平差异过大，提高统筹补偿方案的科学性和合理性，规范基金使用，提高基金使用效率，使有限的基金发挥最大的效益。大力推进门诊统筹工作，扩大农民受益。2010年，要在全国50%的统筹地区开展门诊统筹，加快推进新农合省市级定点医疗机构即时结报工作。
二是探索开展门诊总额预付、单病种付费、按床日付费等支付方式改革，引导医疗机构及其从业人员自觉规范行为，促进医疗机构健康发展，降低新农合基金风险。2010年，要在全国10%的统筹地区开展支付方式改革。
三是大力加强新农合的监督管理。全面加强对新农合的基金监管和定点医疗机构监管。继续完善并坚持新农合的县、乡、村公示制度，规范群众举报、投诉办法，加强社会监督。组织相关部门开展新农合专项督导，检查各地新农合制度的执行和落实情况。加强新农合基金的专项审计。研究制定新农合工作的奖励办法和违规违纪处罚办法。
四是继续加强新农合管理能力建设。按照国务院“三定方案”，指导各地落实好卫生部门负责新农合综合管理的要求。本着精简、高效的原则，推动各地新农合管理经办机构建设，有针对性地加强人员业务培训，加强监督和管理，积极探索商业保险公司经办新农合的新模式。逐步完善新农合信息系统，提高管理水平。
五是加快推进新农合立法工作。亟需以法律法规的形式将新农合工作中行之有效的做法固定下来，把新农合纳入法制化、规范化管理的轨道。
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