当时，卫生部门人士对该建议提出了反对意见。卫生部门人士认为，在目前医疗卫生矛盾突出的前提下，发改委调高医疗服务价格，使其“回归真实成本”的难度太大。
最终，各方最后达成的妥协是“承认现状”，默认过去按项目收费模式下的医疗服务实际收费是合理和必要的，对不合理的费用结构和费用水平均暂不作调整，类似餐馆计算出过去顾客就餐的平均餐费，据此平均价确定自助餐价格。承认历史的好处在于，来自各方的阻力最小。
不过，需要注意的一个问题是，以往过度医疗的扭曲状况，一方面是因为医生和医院为了获取更多收入；另一方面，也是因为很多必选的医疗服务项目定价过低，为了维持收支平衡，伙计(医生)不得不给顾客(患者)多点一些不必要的但是有利润的菜品。
这与其他省市按病种付费的试点状况并不相同。重庆市卫生局局长屈谦根据重庆梁平的试点检验，曾提出建议，可以依据前三年80%的单病种病人住院人均费用，并以此作为费用打包定价参考。
经过各方妥协达成的共识在北京版《通知》中得到了明确：“定额标准采用社会平均成本法确定。即按我市2010年基本医疗保险定点三级医疗机构诊治同一病种分组医保患者、实际发生的符合我市基本医疗保险报销范围的次均费用测算。”
目前，在北京六家医院试点过程中，按病种付费仅仅用于医保支付环节，在前端的患者支付环节，仍然沿袭传统的按项目收费模式。
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