2011年5月26日，“公立医院院长专业化职业化培训项目启动暨研讨会”上，卫生部副部长马晓伟在发言中指出，随着全民医疗保险的拓展以及公共财政补需方力度的不断强化，政府为公立医院精心培育打造了一个医疗消费市场，但是公立医院还不适应医疗保险购买医疗服务的格局。
改革的逻辑随之而来：进行公立医院法人治理结构改革，推动公立医院管办分开，使公立医院成为真正的市场主体。
2010年1月，在《关于公立医院改革试点的指导意见》出台前后，卫生部医管司司长张宗久表示，公立医院改革的两个重点为医保付费机制和法人治理结构改革，其中后者将夯实医院的市场主体地位。
目前，公立医院依然控制着中国90%左右的医疗资源。正因为公立医院的优势地位，在现实中，医疗保险定点医院也就主要以公立医院为主，而且这种定点资格很难被取消，这进一步强化了公立医院的行政垄断地位。而在中国现行的医疗体系下，虽中央政府早已明确提出了鼓励社会进入医疗行业，但区域卫生规划对公立医院的倾斜，使得社会资本在实际进入医疗市场时遭遇壁垒。
对于绝大多数公立医院来说，目前仍然维持着延续数十年的管理方式。政府作为公立医院的所有者，履行其管理职能，但这些职能又分散在卫生、财政、编办等不同部门手中。在医院管理专家看来，这增加了政策执行过程中的协调成本，同时弱化了所有者的权力，无法有效约束和考核评估公立医院。
这种特殊的体制下，院长手上掌握的权力呈现出“既很大又很小”的怪现象。一方面院长可以签字购买大型设备和投入建设基础设施，支配上亿资金。另一方面院长权力似乎又处于过度管制状态。镇江市一家公立医院院长曾向《财经》记者抱怨自己权力小到“甚至连一个编制内的锅炉工都没法开除”，并表示对医院管理方式、人员冗余状况感到无力。
公立医院改革被视为医改中难度最大的一环。2011年卫生部部长陈竺在作深化医药卫生体制改革形势报告时明确表示，公立医院改革始终是一道绕不过去的“坎”，是缓解“看病难”“看病贵”的关键点。
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